申時行是狀元出，首輔之尊，明確拒絕了擔任制科考一事，就使得此事在朝廷上下到震驚，以申時行的才學和資歷，如果真的要想謀求制科考這一職務的話，是極為容易的，但是申時行卻選擇了直接上疏朱載坖，表明了自己的想法。
申時行的看法是很簡單的，他在奏疏中詳細列舉了自己不能擔任制科考的原因，第一就是自己不以經義見長，而本次的制科，乃是博學宏詞科，所需要的是長於經義，博學多才的臣子，而自己常年埋頭案牘，遠離書本，學問沒有長進，不配擔任制科考。
第二點就是要避嫌，現在大明計程車子們都很清楚，一旦取中制科，那就是進了升的快車道，比之翰林院還要得到重用，部堂督都是等閒，所以制科在大明是極為到追捧的，自己本就是首輔，如果再擔任制科考的話，未免不被人視為在培植黨羽。
嫌疑之地，就更要立持正才行，而且即便是自己不會利用擔任制科考試考的職務之便為自己培植黨羽，但是隻要自己的考，那麼所取中的制科考生必然會被人認為是申時行的黨羽，所以為了避嫌，申時行認為自己不能夠擔任考。
除此之外，申時行認為首輔是輔佐天下，治理天下的，重心應當放到政務上來，而不是參與這些考試，基於這三個理由，申時行認為自己不應當擔任制科考，對於申時行的奏疏，朱載坖予以同意，同時還賞賜申時行彩幣、酒和蟒，以示恩寵。
申時行以這種方式將很多重臣謀求擔任制科考的道路給堵死了，同時將選拔制科考的大權上收到朱載坖手中，朱載坖自然是要對申時行投桃報李的，申時行很清楚，自己擔任首輔時間已經不短的，即便是在隆慶朝提倡閣臣久任的況，自己的任期也已經到了要結束的時候的，所以越是在這個時候，越是要和朱載坖搞好關係，揣朱載坖的心思，給皇帝留下好印象，這樣對於自己致仕之後和子孫後代都是有極大的好的。
朱載坖這人有一個好，就是對於有功勞的臣子，其子孫要是有能力的話，必然得到重用，即便是沒有能力，朱載坖也會安排閒職，保其富貴，這也算是朱載坖和重臣們的一種默契吧，所以申時行在朱載坖提出開制科的時候就想到了此事。
這次的制科，不同於以往，這次開設博學宏詞科的主要目的，是為了朝廷編撰經義、史學教材，對於朝廷來說，是關係到百年大計的事，朱載坖肯定是要極為重視的，首先就是要選拔出有真才實學的人來，這點是極為重要的，只有這樣，才能夠保證朝廷所編撰出來的教材能夠使得朝野上下都能夠滿意。
否則話，編撰出來的教材錯百出，那就打的不僅僅是大明朝廷的臉面了，而是朱載坖這個皇帝的臉面了，所以這次制科最重要的就是要選拔出優秀的人才，才能夠保證大明編撰教材的質量，這點是最重要的事，申時行很清楚朱載坖對於此事的重視，不惜過開設制科來為編撰教材選拔人才，是務必要辦好此事的。
申時行認為首先要做的就是排除政治干擾，尤其是重臣們對於此次制科的干擾，所以申時行首先以自己開刀，明確表示自己不能參與此次制科考試，而在申時行之後，次輔王錫爵也上疏稱自己科名不如申時行，申時行尚且自認沒有能力擔任考，那自己就更沒有可能了。
因為申時行是嘉靖四十一年的狀元，而王錫爵是嘉靖四十一年的榜眼，首輔和次輔相繼表態之後，閣輔臣和部院重臣們也都紛紛上疏，認為不能擔任制科考。
朱載坖收到這些奏疏之後不笑著對太子說道：“人皆以充任考，司職掄才為榮，今滿朝重臣，竟皆不願充任考，申閣老倒是幫了朕大忙啊。”
朱載坖當然知道申時行的問題，君臣兩人在這個問題是很有默契的，制科乃是朝廷最重要也是等級最高的考試，朝廷是必然要遣重臣充當考的，但是現在在申時行的帶之下，閣部重臣們都紛紛上疏表示不能擔任考，這樣選擇的大權就完全在朱載坖的手上了。
申時行這一招確實是非常之高明的，以為餌，現在估計很多部堂大員們都在背後罵申時行呢，自己不想當就算了，連累大家都沒得搞，朱載坖問太子：“現今重臣之中，何人可以知貢舉啊。”
這點太子也是在思考的，太子中意的是陳於陛，因為陳於陛從父陳以勤習國家故實。為史，益究經世學。在經史方面的造詣頗高，同時負責編修國史，陳以勤不僅僅是朱載坖的講，也是大明的藏書大家，陳於陛在閣臣之中，也算是博學多才的，所以太子認為，陳於陛算是不錯的人選。
朱載坖並沒有立即予以回答，而是要求在京員先舉薦同考，相比於主考，同考的要求肯定是要低一些的，主要是在資歷和品級上的要求可以放寬，但是由於是制科，還是制科中最為重要的博學宏詞科，所以對於同考的要求也是很高的。
主要以翰林出的員為主，這點確實大明場的潛規則，就是一切重翰林，因為大明朝廷的鄙視鏈就是主要據科名而來的，制科出太，不是場主流，其他的各種出，舉人出的看不起吏員考選的，進士出的自然是看不起舉人出，而翰林院庶吉士出，不好意思，在坐各位都是樂，平等的看不起其他所有出的。
尤其是在制科這麼重要的事上，自然是要首重翰苑的，所以一些在翰林院中才名比較出眾的員被舉薦了出來，為同考的候選人。
