在朱載坖的詔書下達之後，科道的反對是極為激烈的，都察院史和給事中們章上疏，認為李贄：“非聖無法，敢為異論，頗榮眾聽，遂使鄉塾陋儒，翕然尊信，至今為人心風俗之害。故其人可誅，其書可毀，好為驚世駭俗之論、務反宋儒道學之說，是名教之罪人也。”
針對於這些言們的上疏，朱載坖命令吏部，將李贄制科以來的歷年的考核公佈，同時還傳達了朱載坖的口諭：“若卿等能夠有李贄之治績，督部堂，可以自取之。”
從李贄到雲南任職以來，就一直在西南邊陲輾轉，但是李贄無論是在雲南還是在緬甸，理政務，安土司，推朝廷的改土歸流等事項上，做的都是極好的，李贄在雲南、緬甸等地廣興學校，教化當地的土司，同時設立州縣，開墾土地，現在緬甸已經為大明糧秣的主要來源。
每年可以向大明轉運數以千萬石計算的糧食，同時雲南、緬甸等地的土司也基本平穩，多年未有叛之舉了，這點對於朝廷來說是極為重要的，朝廷在北方經年用兵，但是李贄能夠幫助朝廷穩住西南，同時向大明提供大量的糧食，這點對於朝廷來說是極為重要的。
在李贄的治理下，緬甸、雲南兩地的改土歸流雖然進展不快，但是確實大明境最為和平的，幾乎沒有因為改土歸流而引發叛的，這點在各省的改土歸流之中都是極為罕見的，尤其是雲南、緬甸兩布政使司本來就是土司力量極為強大的地方，這就更加難能可貴了。
所以在朱載坖的上諭下達之後，這些科道言都閉了，對於朝廷來說，李贄這樣的員確實是幹吏，同時他的很多看法也是和朱載坖一致的，更加重要的是，李贄在南方很有名，不人都認為他是當世大儒，在士林之中也是很有影響力的，連焦竑這樣的人也上疏認為自己的學問不如李贄。
除了同考之外，在主考之下，就是副主考和其他的考試員的選拔的任命，其中比較重要的就是外簾了，因為制科的初試是比照會試的制度來擬定的，試院，輒封鑰外門戶。在外提調、監試等謂之外簾，在主考、同考謂之簾。
外簾也是十分之重要的，監臨、監試，專司糾察考場弊，從考生編號、簾進貢院到考試錄取每一環節都要督察，做到按章辦事，不得有誤，否則，將要到嚴懲。
為了保證制科考試的公平，朱載坖任命襄國公李梁、錦親軍都指揮使嚴紹庭為監臨、監試，負責制科考試的監察，都察院和諸科也要派出史和給事中加以監察。
而在本次制科之中，朱載坖要求應試答卷文理明白，不許程文、怪誕之論者，朱載坖明確下達上諭：“凡出題，或經或史，所問須要含蓄不顯，使答者自詳問意，以觀才識。凡對策須參詳題意，明白對答，如問錢糧即言錢糧，如問水利即言水利，得失，務在典實，不許敷衍繁文過當，遇當寫題亦止曰云雲，不許重述，凡作四書經義，破承之下，便大講，不許重寫題。作文須要純正通暢，不許用浮華險怪艱滯之詞，答策不許引用謬誤雜書，其陳及時，務須斟酌得宜，便於實用，不許泛為誇大及偏執私見，有乖醇厚之風。”
同時也明確了考試對於大明文風士風的引領作用：“除要遵守限字之法外，“務要平正爾雅，裁約就正。說理者必窺命之蘊；論事者必通經濟之權；判必通律；策必稽古；非是者悉屏不錄。”
朱載坖在上諭中也明確指出，自嘉靖以來，由於力日漸繁盛，風氣也漸盛，質追求日漸奢靡。多出現詭詞邪說，離經叛道之狀況，與程朱理學的宗旨相差甚遠。另一方面儒學與佛、道學說融合，為心學，並到諸多文人的推崇，舉子應試之文風也不如從前質樸。這並非朝廷所希看到的。
朱載坖明確要求考們：“文字務要平和典雅，明白通暢，合於程式者方許取中。其中似前駕虛翼偽，鉤棘軋茁之文，必加黜落。”希以此糾正大明的文風。
而現在對於朝廷上下來說，最重要的就是主考和副主考的確定了，因為制科也是實行的三級考試製度，第一級是資格考試，主要由地方督舉薦或者是自薦到翰林院接考核為主。
第二級就是初試了，這是制科最重要的考核了，也是要剔除絕大部分人的考試，只有經過了初試之後，才能夠進第三的階段，也就是皇帝親自主持的殿試。
所以其實淘汰人最多的就是在初試的階段，朝廷上下也對於此事是極為重視的，朱載坖也很快公佈了正副主考的名單，朱載坖決定任命大學士陳於陛為主考，大學士沈鯉、禮部左侍郎提督昇平署事湯顯祖為副主考，陳於陛和沈鯉自然是名滿天下的儒臣，他們兩人確實都以經義見長，尤其是陳於陛，家學淵深，這點朝廷上下還是很佩服的。
但是對於朱載坖任命湯顯祖為副主考，很多人是有一些意見的，雖然湯顯祖也是制科出，才學出眾，但是從制科及第之後，主要就是在昇平署任職，從事各種劇本、戲曲的編寫，同時分管皇明時報等宣傳機構，在學上似乎不是很出名。
當然還有一個重要的原因，就是湯顯祖年時學於羅汝芳，羅是泰州學派王艮的三傳弟子，這一學派承繼了王守仁哲學思想中的有積極意義的部分，加以發展，又稱“左派王學”。這個學派抨擊程朱理學，懷疑綱常禮教，反對束縛個。和李贄關係很好，科道認為湯顯祖輕浮孟浪，不足以司掌文衡，但是朱載坖決心已定，非要用湯顯祖。
