五彩柱的威力再次提升，徹底穿了暗能之心的核心。暗能之心發出一陣震天的巨響，開始逐漸崩塌，部的暗能被柱淨化，轉化為純淨的能量，瀰漫在整個大廳中。“功了！暗能之心被摧毀了！”莉娜興地喊道。
但就在這時，整個幽影聖殿突然劇烈震起來，大廳頂部的石塊開始掉落。“不好！暗能之心被摧毀後，死寂星雲的能量平衡被打破，星雲即將發生大炸！”艾拉臉慘白地說道，“我們必須在十分鐘離開這裡，否則會被炸波及！”
眾人立刻轉向通道外跑去，此時，蒙雲將軍的聲音傳來：“扶蘇，我們已經突破暗影族的防線，登陸艙就在殿門外等候！”
當眾人衝出幽影聖殿時，發現同盟艦隊已經做好了撤離的準備。他們快速登上登陸艙，登陸艙立刻向星樞號飛去。就在登陸艙抵達星樞號的瞬間，死寂星雲的核心區域發生了劇烈的炸，暗紫的能量衝擊波席捲整個星雲，幽影聖殿在炸中化為灰燼。
星樞號的引擎全力運轉，以最快的速度逃離炸區域。眾人站在舷窗前，看著後巨大的炸火，心中充滿了劫後餘生的慶幸。“暗影族的威脅終於解除了！”李銳興地喊道，整個星樞號上都響起了歡呼聲。
扶蘇看著舷窗外的星空，心中卻沒有放鬆。他知道，雖然暗能之心被摧毀，暗影儀式被阻止，但暗影族的殘餘勢力依然存在，戰爭並沒有完全結束。“蒙雲將軍，命令艦隊在瑪雅母星集結，我們需要制定一個徹底清除暗影族殘餘勢力的計劃。”
“收到！”蒙雲將軍的聲音傳來，帶著興，“經過這次戰鬥，我們的同盟艦隊聲威大震，很多被暗影族迫的星球都表示願意加我們，一起對抗暗影族的殘餘勢力。”
三天後，同盟艦隊在瑪雅母星集結，來自二十多個星球的代表齊聚星樞號的指揮室，共同商討清除暗影族殘餘勢力的計劃。艾拉作為星航者文明的代表，向眾人講述了星航者文明當年的過錯，並正式向暗影族的殘餘族人道歉，承諾會幫助他們重建家園。
“暗影族的殘餘勢力主要分佈在三個星域，分別由三名暗影長老帶領。”李銳展示著暗影族的分佈圖，“這三個星域的暗能濃度較高，適合暗影族生存，我們可以兵分三路，同時發起進攻，徹底清除他們的勢力。”
扶蘇點了點頭，做出決定：“蒙雲將軍，你帶領三十艘戰艦，進攻‘幽影星域’；阿瑞斯，你帶領二十艘戰艦，進攻‘暗能星域’；我帶領星樞號和二十艘星航者戰艦，進攻‘死亡星域’。十天後，同時發起總攻，務必在一個月徹底清除暗影族的殘餘勢力。”
會議結束後，艾拉找到扶蘇，將一枚藍的水晶遞給：“這是星航者文明的‘星圖水晶’，裡面記載著整個銀河系的星圖，還有星航者文明的先進技。老族長希我將這枚水晶給你，幫助你統一銀河系，實現真正的和平。”
扶蘇接過水晶，著其中蘊含的星航者文明的智慧，心中充滿了慨：“艾拉，我不是要統一銀河系，而是要建立一個平等、自由的聯盟，讓所有星球的文明都能和平共，共同發展。”
艾拉點了點頭，認同道：“這也是老族長的心願。我相信，在你的帶領下，這個願一定能實現。”
十天後，同盟艦隊兵分三路，向暗影族的殘餘勢力發起總攻。扶蘇帶領的艦隊抵達死亡星域，這裡是暗影族殘餘勢力中最強大的一支，由暗影族的大長老帶領，擁有三十艘戰艦和數萬名暗影族士兵。
“通知所有戰艦，開啟暗能淨化主炮，準備進攻！”扶蘇站在星樞號的指揮台前，看著螢幕上的暗影族艦隊，“星航者戰艦從左側包抄，瑪雅戰艦從右側進攻，星樞號正面突破！”
同盟艦隊的主炮同時開火，白的暗能淨化束如同利劍般向暗影族艦隊。暗影族艦隊的護盾瞬間被擊穿，數艘戰艦發生炸。暗影族大長老的旗艦發出暗能火炮，擊中了星樞號的護盾，護盾的芒閃爍了一下，卻沒有被擊破。
“時空金鑰·空間跳躍！”扶蘇啟星軌之盤的空間跳躍技，星樞號瞬間出現在暗影族旗艦的後方，主炮同時開火，白束擊中旗艦的核心艙，旗艦瞬間失去力。
扶蘇帶領特種兵乘坐登陸艙，進暗影族旗艦。旗艦部，暗影族大長老正站在核心艙，他的手中握著一把古老的暗能權杖，權杖上鑲嵌著一顆暗紫的水晶，散發著強大的暗能波。
“扶蘇，你摧毀了暗能之心，破壞了暗影主宰大人的計劃，今天我要為暗影族報仇！”大長老的聲音帶著憤怒，他揮權杖，暗能形一道巨蟒，直奔扶蘇而來。
“聖能·淨化！”艾拉的水晶杖發出藍，將暗能巨蟒淨化。扶蘇拔出合金刀，金的龍脈能量與白的金鑰能量融合，刀劈向大長老。大長老揮權杖抵擋，權杖與合金刀撞，發出刺耳的尖嘯。
兩人展開了激烈的戰鬥，大長老的暗能權杖威力無窮，每一次揮都能引發空間震。但扶蘇的時空金鑰能量可以淨化暗能，逐漸佔據了上風。莉娜則釋放出生命能量，干擾大長老的暗能控，讓他的作越來越遲緩。
“暗影·獻祭！”大長老眼中閃過瘋狂，他將自己的生命能量注權杖，權杖發出耀眼的暗紫芒，“就算我死，也要拉你們一起陪葬！”
“時空金鑰·能量封印！”扶蘇將時空金鑰拋向空中，五彩的芒形一個巨大的封印陣，將大長老包裹在。大長老的暗能被封印陣制，無法發出來。他驚恐地看著扶蘇，眼中充滿了不甘：“我不甘心……暗影族還會回來的……”
扶蘇走到大長老面前，平靜地說道：“暗影族的悲劇源於戰爭和誤解，只要你們願意放下仇恨，加銀河系同盟，我們可以幫助你們重建家園，讓暗影族的文明得以延續。”
大長老愣住了，他看著扶蘇真誠的眼神，心中的仇恨逐漸消散。他沉默了片刻，最終點了點頭：“我願意帶領暗影族的殘餘族人，加銀河系同盟，從此不再發戰爭。”
隨著暗影族大長老的投降，死亡星域的暗影族殘餘勢力徹底被清除。與此同時，蒙雲將軍和阿瑞斯也傳來了好訊息，幽影星域和暗能星域的暗影族殘餘勢力也相繼投降，整個銀河系的暗影族威脅終於徹底解除。
一個月後，銀河系同盟立大會在瑪雅母星舉行，來自五十多個星球的代表齊聚一堂，共同推舉扶蘇為銀河系同盟的第一任盟主。扶蘇站在主席臺上，看著臺下的眾人，心中充滿了慨。
“今天，我們在這裡立銀河系同盟，不是為了爭奪權力，而是為了實現和平。”扶蘇的聲音過擴音傳達到每一個人的耳中，“過去的戰爭給我們帶來了太多的痛苦和損失，從今天起，我們所有星球的文明都將平等相待，互相幫助，共同發展。我們要讓銀河系的每一個角落，都充滿和平與希。”
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