1739年乾隆四年，晉封噶倫頗羅鼐為多羅郡王。1747年，頗羅鼐病故，其次子珠爾默特那木札勒襲封郡王。
珠爾默特那木札勒“素不信奉達賴喇嘛，心懷仇隟” ，表面上順從駐藏大臣，暗中聯絡蒙古準噶爾部，伺機起兵反叛。
1749年，珠爾默特那木札勒攻殺其長兄“阿里公”珠爾默特策布登，控制了阿里。1750年，駐藏大臣傅清、拉布敦迫於勢，殺珠爾默特那木札勒，隨後為其黨羽卓呢爾（名）羅卜藏札什所殺。
隨後，清朝廷派四川總督策稜領兵藏平叛。
清政府駐藏大臣制度最終確立，為定製，不再冊封噶倫為札薩克，防止權力集中於世俗貴族之手。
1751年，清朝頒行策稜所奏的《西藏善後章程》十三條。章程規定，噶倫員額為四人，且必須於公所（噶廈）辦理政事。
“查舊例噶隆會辦事件，原有噶沙之公所衙門。自頗羅鼐後，各噶隆竟不赴公所，俱於私宅辦事。
……今噶隆業已照例補放，自應遵照舊例，遇有應辦事件，俱赴公所會辦。
章程擴大了駐藏大臣的職權，並首次正式規定了達賴喇嘛的世俗權力，形了駐藏大臣、達賴與班禪的僧系統、噶廈俗系統三者制衡的狀態；正式設立噶廈政府，駐地在拉薩大昭寺，長為噶倫，秉承駐藏大臣、達賴喇嘛旨意辦事。
從清初到18世紀末清廷對西藏的控制呈逐步加強的趨勢。
乾隆皇帝當政時期，強大的六世班禪赴京覲見，為乾隆皇帝慶祝70大壽，由於拒絕接種，染天花在承德去世，將隨攜帶的金苯瓶留在承德仿布達拉宮建造的普陀宗乘之廟。
六世班禪曾是乾隆老師，乾隆贈送給了班禪喇嘛及其兄弟姊妹很多金子。
但班禪喇嘛的駐錫地扎什倫布寺卻沒有給六世班禪的兄弟白教第十世夏瑪他的那部分。
當夏瑪的楊千寺的管理員對此事抱怨時，扎什倫布寺答覆說，金子全部都是屬於扎什倫布寺的。
第十世夏瑪還遭到誹謗，說他為了重新得到他的寺院，策劃謀反西藏政府。
從而在西藏政府與夏瑪相互仇視。1784年，夏瑪撤離西藏去了鄰國廓爾喀（今尼泊爾）。
1791年，廓爾喀因與西藏鹽稅銀錢糾紛與白教祖古夏瑪唆使，軍隊侵西藏，意圖搶掠遍佈西藏各地的寺廟中的財富。
當時，西藏政府請求滿清政府派兵支援。
1792年，乾隆命清朝大將軍福康安同參贊大臣海蘭察率領清兵支援當地藏兵，將廓爾喀軍隊驅返喜馬拉雅山南麓，甚至還反攻至廓爾喀首都－布外二十公里的熱鎖橋，迫使廓爾喀向清朝五年朝貢一次。
驅逐廓爾喀軍隊之後，滿清兵以完善西藏行政為理由，訂立了治理西藏的多項章程，要求以“金瓶掣籤”認定達賴喇嘛、班禪喇嘛和其他呼圖克圖的轉世。
《藏善後章程》二十九條，大大加強了駐藏大臣的權力。1793年，上述章程的部分條款彙編“欽定藏善後章程”，並翻譯藏文，詳細規定西藏的宗教事務、外事、軍事、行政和司法權力，達賴、班禪轉世程式，地方政權的組織結構，並正式劃分西藏和青海、四川、新疆等省份的邊界。
此後西藏的政務完全依照此章程行事。
緒時期……
1888年緒十四年，英國發第一次侵略西藏的戰爭，清政府求和，英國要求清政府簽訂不平等條約以結束戰爭。
1890年3月17日，中英二國在印度的加爾各答簽訂《中英藏印條約》，中方代表是駐藏幫辦大臣升泰，英方代表是印度總督蘭斯敦（Lansdowne）。
過這個條約，哲孟雄（錫金）為英國的保護國，一切政外皆聽命於英人。西藏由此失去藩籬，再無險可固；此外，條約劃定藏哲邊界，使西藏丟失了崗八宗以南的大片牧場和險要地區。西藏上層對此條約非常反對，向駐藏大臣衙門上稟帖譴責升泰的作為。
1893年12月5日，由於藏印條約中的多個問題沒有得到實際解決，在英國的力下，清政府派何長榮與英國代表保爾（A. W. PAUL）在大吉嶺簽訂《中英藏印續約》，其容是：開放亞東為商埠，在五年免納進出口稅；英人在該地有領事裁判權；在哲孟雄游牧的藏人應照英國在哲孟雄隨時立定游牧章程辦理。
自此，英國人最終開啟西藏的大門。
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