研究生院在1964年立，首批招收碩士研究生三十人，博士研究生五人。他們中的很多人，後來為南洋科研系的中堅力量。
高等教育的發展，倒高中教育的普及。
1961年，教育總署制定了《高階中學建設五年規劃》。目標是：五年，每個省至建一所重點高中，每個城市都有足夠的普通高中，滿足初中畢業生的升學需求。
高中課程設定分文理兩科。文科側重語文、歷史、地理、外語；理科側重數學、理、化學、生。無論文理，都要學習《南洋憲法》《國家政策》等公民教育課程。
教師隊伍是最大的瓶頸。高中教師要求本科以上學歷，但當時南洋大學還沒畢業生。
教育總署的辦法是：一方面繼續引進海外華人教師，另一方面選拔優秀初中教師送到歐深造，學歸來後擔任高中教師。
到1963年，全國建高階中學五十所，在校學生一萬五千人。高中畢業生為南洋大學的主要生源。
九年基礎教育（小學六年+初中三年）也在1963年全面落實。全國適齡兒學率達到百分之九十五，初中學率達到百分之八十，全民文盲率降至百分之十五以下。
這是一個歷史的就。十五年前，南洋還是遍地文盲；十五年後，絕大多數孩子都能坐在教室裡讀書識字。
人口素質的本改變，為接下來的工業化、現代化奠定了最重要的人力基礎。
教育配套系也在同步完善。1962年，教育總署出臺了《全國統一升學考試制度》。
小學升初中、初中升高中、高中升大學，全部實行統一考試、統一錄取。這保證了教育公平，避免了人關係干擾升學。
教學考核制度也建立起來。每學期末，學校要對教師的教學質量進行評估，評估結果與薪資、晉升掛鉤。優秀的教師有獎勵，不合格的教師要培訓、轉崗甚至辭退。
學生宿舍、校園食堂、校車接送等後勤保障系也在逐步完善。貧困學生可以申請助學金，偏遠地區的學生可以住校，不用每天走幾個小時山路。
……
1964年春天，南洋國家科學院在吉隆坡立。
這是一件大事。此前，南洋的科研工作幾乎為零。工廠裡的技改進靠老師傅的經驗，油田的勘探開發靠外國專家的指導，農作的品種改良靠農民自己的索。
國家沒有專門的科研機構，沒有穩定的科研經費，沒有建制的科研隊伍。
科學院的立，標誌著南洋開始系統地建設自己的科研系。
首任院長是趙忠堯。他辭去了南洋大學理系主任的職務，全心投科學院的籌建。在他的規劃裡，科學院不是一個“衙門”，而是一個真正做研究的地方。
科學院下設五個研究所：能源研究所、機械研究所、農業研究所、醫學研究所、材料研究所。每個研究所對應國家最急迫的需求。
能源研究所由石油地質專家陳宗兼任所長。研究重點是石油勘探技、煉油工藝、天然氣利用。巨港油田的開發經驗被系統總結，形了一套適合南洋地質特點的勘探理論和方法。
機械研究所由從德國歸來的工程師吳振華擔任所長。研究重點是工業裝置的仿製和改進。
南洋的工廠大量使用進口裝置，壞了要等外國人來修，零件要從國外買，費時費錢。機械研究所的任務，就是吃這些裝置的原理，實現國產化。
農業研究所由農學家林文慶擔任所長。研究重點是橡膠、水稻、油棕的高產栽培技。
南洋的農業還停留在“靠天吃飯”的階段，品種老化、病蟲害嚴重、產量低下。農業研究所的任務，是用科學方法提升農業生產力。
醫學研究所由藥理學家何耀祖擔任所長。研究重點是南洋地區常見病、多發病的藥研發。
瘧疾、登革熱、痢疾等熱帶疾病嚴重威脅民眾健康，但特效藥全靠進口，價格昂貴。醫學研究所的任務，是研發本土藥，降低醫療本。
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