陸上，阿爾多普上尉負重傷，殘部潰退回熱蘭遮城。赤嵌城，徹底了孤城。
五月初四，赤嵌城（普羅民遮城）下。
鄭功沒有急於強攻這座稜堡式的堅固城堡。他採納參軍陳永華（陳近南）的建議，採取“圍三闕一”之策，在赤嵌城周圍挖掘壕，修築工事，徹底切斷其與熱蘭遮城的聯絡以及水源。同時，派兵四出，安當地漢人移民和原住民村社，宣佈“大明王師，弔民伐罪，只誅紅，不傷百姓”，開倉放糧，紀律嚴明。深荷蘭人迫的漢人百姓紛紛簞食壺漿，不原住民部落也派出嚮導，甚至提供協助。
赤嵌城，缺水缺糧，士氣低落。貓難實叮在堅守數日後，眼見援軍無，在鄭功承諾保證其生命安全和個人財產後，於五月初九開城投降。
鄭功信守承諾，厚待降俘，將其送往熱蘭遮城。此舉既展示了“仁義之師”的風範，也沉重打擊了熱蘭遮守軍計程車氣。
接下來的幾個月，是漫長而艱苦的圍城。
熱蘭遮城遠比赤嵌城高大堅固，儲備也相對充足。揆一拒絕了鄭功數次勸降，指達維亞的援軍。鄭功也不急躁，在熱蘭遮城外修築了數十座炮臺和營寨，將其圍得水洩不通，並派水師巡邏外海。雙方進行了小規模的炮戰和襲擾。
期間，達維亞的援軍（由雅科布·考烏率領）終於到來，但在七月的第二次臺江海戰中，再次被嚴陣以待的明鄭水師擊敗，損失數艦後狼狽逃竄。熱蘭遮城最後的希破滅。
圍城持續到年底。城疾病蔓延（主要是壞病和瘧疾），糧食藥品短缺，士兵逃亡、投降者不斷。揆一本人也在一次炮擊中傷。絕的緒籠罩著整個城堡。
永曆二十年十二月十三日（西元1662年2月1日），在堅守了九個多月後，荷蘭駐臺灣最後一任總督揆一，在完全絕的況下，終於簽署了投降條約。
條約規定：荷蘭人出熱蘭遮城及所有堡壘、武、資、商品和東印度公司財產；所有荷蘭人（約九百人）及其個人財可安全撤離；荷蘭人承諾不再與鄭功及其盟友為敵。
這一天，熱蘭遮城上空飄揚了三十八年的荷蘭三旗緩緩降下。大明的日月旗，在守城荷軍複雜、屈辱、茫然的目中，在明鄭將士震天的歡呼聲中，在無數聞訊趕來的漢人、原住民飽含熱淚的注視下，冉冉升起，高高飄揚在臺灣的天空。
鄭功步這座曾經象徵荷蘭人統治的堅固城堡，將其改名為“安平鎮”，以紀念起兵的安平（福建泉州安海）。赤嵌城則被命名為“承天府”，作為臺灣的行政中心。他宣佈設立“臺北”，下設天興、萬年二縣，頒佈墾荒條例，寓兵於農，招募大陸移民，開始了對臺灣的系統經營。
訊息，如同長了翅膀，飛過海峽，飛向大陸，飛向南京。
臘月二十，南京。
當鄭功那份詳細記載了從誓師到降全過程的、沾染著海風與硝煙氣息的報捷文書，連同繳獲的荷蘭總督金印、旗幟等，一起擺在監國朱常沅的案頭時，這位年輕的監國，竟一時失語。
他著那冰涼的荷蘭金印，看著奏報上“全島復，紅夷遠遁”八個字，中翻騰著難以言喻的緒。是狂喜，是欣，是驕傲，更是一種沉甸甸的、看到希實質落地的踏實。
“拿酒來！” 朱常沅對侍從說道，聲音有些沙啞。他親自斟滿三杯酒，第一杯緩緩灑在地上：“第一杯，敬延平王麾下，為國捐軀的將士英靈！”
第二杯舉起：“第二杯，敬延平王鄭功，及其麾下所有浴戰的將士！此功，彪炳千秋！”
第三杯，他一飲而盡，眼中四：“第三杯，敬我大明！天命未絕，人心未死！臺灣已復，何愁中原不復？！”
他轉向侍立的兵部尚書萬元吉，語氣斬釘截鐵，不容置疑：“擬旨！不，不用那些文縐縐的詞！就這麼寫：延平王鄭功，忠勇冠世，海遠征，犁庭掃，克復臺灣全島，逐紅夷於海外，雪數十年之國恥，開三千里之疆土，功在當代，利在千秋！著，封鄭功為臺灣總督，加太傅銜，賜袞冕九章，金冊金印，歲祿萬石，世鎮臺灣！其麾下文武，著兵部、吏部從優敘功，破格擢用！陣亡將士，從優卹，立祠祭祀，永食！臺灣一切軍政事務，悉由延平王權宜置，中樞不遙制，六部不行文！此詔，明發天下，各府州縣，張榜宣諭，務使婦孺皆知——臺灣，回家了！”
詔書以最快的速度頒發。整個南京城沸騰了。自崇禎殉國以來，近二十年間，明軍敗多勝，失地千里。這是第一次，如此徹底、如此痛快地從“泰西強夷”手中奪回大片故土！街頭巷尾，酒肆茶樓，人人談論，個個振。監國朱常沅的威，隨著這道捷報和封賞，在江南乃至更廣的淪陷區士民心中，急劇攀升。
訊息傳到嶺南虎門，已是數日後。水師提督鄭彩仔細讀完了朝廷邸報和鄭功的私信，在“靖海”號的艦長室裡，獨自坐了很久。他走到海圖前，目從廣東，移到福建，再移到那個剛剛被清晰標註出來的、形如紡錘的島嶼。
“臺灣……” 他低聲念道。他能想象族弟鄭功此刻的意氣風發，能想象那島上正鑼鼓的屯墾、築城、造船。一片嶄新的基業，一個真正屬於鄭氏的王國，正在東海之上崛起。
他到驕傲，同出一源，脈相連。他也到力，前所未有的力。鄭功有了臺灣，就如蛟龍海。而他鄭彩，難道要永遠屈居嶺南一隅嗎？
不。他緩緩搖頭。他的路，在南海，在那片更廣闊、連線著泰西諸夷、流淌著無盡財富的蔚藍疆域。鄭功收復了臺灣，是拔掉了荷蘭人在東亞最重要的據點，這對他鄭彩掌控的東西洋貿易航線，同樣是巨大利好。荷蘭人的勢力必然收，南洋的海權，出現了新的真空，也意味著新的機會。
“傳令，”鄭彩的聲音恢復了平日的冷靜與果決，“從新鑄的四十門二十四磅長炮中，選二十門，配足彈藥、配件。庫中鐵、上等南洋硝磺，各取五百擔。水師學堂中，選通曉泰西語、算、測量、航海之最優生徒二十人。備快船三艘，由把總鄭芝莞統帶，攜我親筆賀信，十日必須啟程，運往臺灣，面呈延平王。”
他走到書案前，鋪開信紙，略一思索，揮筆寫下：
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